Een charismatische priester, vader Flynn, tracht de strikte regels in de school te doorbreken, waarop sinds lang met ijzeren hand streng wordt toegezien door het schoolhoofd zuster Aloysius, dat gelooft in de kracht van angst en discipline. Als het erop lijkt dat de priester teveel aandacht besteedt aan een student, begint zuster Aloysius een morele zoektocht. Maar de twijfel slaat toe.